A Kisprojekt Alap vezető kezdeményezettje (KPA VK) – Az a kedvezményezett, amely a saját, illetve a partnerének/partnereinek nevében az ERFA-ból nyújtott pénzügyi hozzájárulás folyósítása iránti kérelmet nyújt be, és aki a Kisprojekt Alap megvalósításáért felel. A KPA vezető kedvezményezettje az adminisztratív és minőségi értékelés elsődleges infó pontja. A keleti programterület KPA vezető kedvezményezettje: a Via Carpatia EGTC; a nyugati programterület vezető kezdeményezettje: a Rába-Duna-Vág EGTC, a két EGTC kis projektek ellenőrző szerv feladatát is ellátja majd.
A Kisprojekt Alap Monitoring bizottsága – A kisprojekt Alap vezető kedvezményezettje által kinevezett szerv, melynek feladata a projektek megvalósításának figyelemmel követése és a kisprojektekre vonatkozó felhívások végrehajtásával kapcsolatos dokumentumok jóváhagyása.